Opção pelo Simples Nacional Indeferida

Bom dia Pessoal,

Tenho uma empresa que foi excluída do simples em janeiro, fizemos a regularização de todos os impostos em aberto (débitos federais, municipal), e fizemos a opção novamente, com resposta dia 15/02.

Houve o indeferimento por pendencia cadastral e ou fiscal com o municipio de SP.

Porém a empresa não tem nenhum débito, a não ser uma citação no relatório municipal, informando um valor a menor pago de um ISS, que está imbutido no DAS Federal, e este foi parcelado no portal da RFB.

A empresa inclusive tem CND municipal, comprovando a regularidade.

Aonde eu possa entrar com o processo para reaver a opção do simples? seria na prefeitura ou RFB?