Apuração do PIS e Cofins - Protocolo de bebidas para lucro p

Boa noite, peguei uma empresa distribuidora de bebidas, aonde o antigo contador nunca apurou o PIS e o Cofins, tenho agora que gerar as guias, fazer os Sped Contribuições e retificar as DCTF´s. Porém esbarrei na seguinte situação: temos produtos de alíquotas básicas e alíquotas diferenciadas, o que fiz inicialmente foi verificar os NCMs das alíquotas diferenciadas e aplicar as alíquotas da Tabela 4.3.10 da Receita, que dispõe sobre estes NCMs. A parametrização que utilizei foi a normal para lucro presumido, a base de calculo é o faturamento, (forma cumulativa).
Porém um contador que trabalha com uma distribuidora de grande porte disse que devo utilizar as alíquotas 2,32% para o PIS e 10,68% para o Cofins de forma não cumulativa, ou seja, débito e crédito, como se fosse monofásico, e que a base de calculo será o faturamento menos as compras, (DECRETO Nº 8.442, DE 29 DE ABRIL DE 2015), francamente não entendi.
Até hoje, não foram entregues os SPEDs Contribuições e as DCTFs foram informadas com R$0,10, preciso retificar e enviar os SPEDs, porém, tem muito impasse a respeito dessa forma de apuração, gostaria de saber qual regra devo usar para fazer as apurações?