Pagamento da notificação de lançamento, anterior ao ingresso com impugnação do cálculo.

Senhores, muito bom dia a todos!
Pesquisei no fórum, porém não encontrei questão semelhante e por isso resolvi abrir este tópico.

Estou com algumas dúvidas quanto ao processo envolvendo o pagamento da notificação de lançamento, anterior ao ingresso com impugnação do cálculo.
Segue o problema:
Em 2013 determinada pessoa faz sua declaração e entrega na data correta. Em 2014, ao declarar, por erro material equivoca-se quanto aos programas de envio e acaba por retificar a declaração de 2013, com os dados de 2014.
Após os 5 anos recebe a notificação de lançamento constando como recolhimento devido a diferença entre o imposto recolhido pela fonte e o declarado (haja vista o equivoco quanto as informações e a retificação indevida). Ao receber a notificação, sem exitar, pagou-a. Destarte gerou-se os questionamentos:
Mesmo após ter pago, esta pessoa pode questionar o cálculo? O equívoco ocorrido, desde que provado, pode ser discutido?
A pessoa consegue reaver o imposto pago "indevidamente"?