Boa tarde Francisco,
a retenção pela fonte pagadora é feita mensalmente considerando como base de cálculo a soma de seus vencimentos (salário, hora extra, comissão, etc) menos as despesas dedutíveis (INSS, dependentes, pensão, etc), de posse desse valor irá ser aplicada a tabela progressiva:
Até 1.903,98 - Isento
De 1.903,99 e 2.826,65 - 7,5% - Deduzir 142,80
De 2.826,66 e 3.751,05 - 15% - Deduzir 354,80
De 3.751,06 e 4.664,68 - 22,5% - Deduzir 636,13
Acima 4.664,68 - 27,5% - Deduzir 869,36
Ou seja, considerando um salário médio mensal de R$ 3.100,00 e com desconto somente de INSS 11% teremos:
3100 - 11% = 2.759,00
2.759,00 x 7,5% = 206,93
206,93 - 142,80 = 64,13
Pronto, a fonte pagadora deverá descontar mensalmente R$ 64,13 referente ao IR, dando um total anual de R$ 769,56.
Pelos valores informados o IR de 2016 foi muito superior ao devido, o de 2017 está mais coerente, porém não temos como dizer sem verificar os documentos (informe).
Atc