Contrato de Subempreitada

Boa tarde,
Trabalho em uma construtora que executa obra no Estado de Mato Grosso (Sinfra), mas quem é responsável pela obra é outra empresa.
E essa empresa responsável precisa emitir nota fiscal para receber da Sinfra onde tem o contrato. Para a empresa que executa o serviço receber é preciso emitir nota fiscal de serviços, o que tem bitributação, como podemos fazer para pagar somente um imposto, visto que só tem um fato gerador.