Responsabilidade dos descontos em empresa de Lucro Presumido

Colegas,

Tenho uma dúvida. Sou médico e faço parte de uma empresa de lucro presumido com 3 sócios, também médicos. Eu presto serviço para uma clínica (CNPJ) e recebo mensalmente desta empresa.
Comecei a receber agora em março e me responsabilizei por emitir as NFSe (município de Campinas/SP).
A empresa me paga, desde o início, o valor BRUTO da NF e me informou que eu deveria deduzir e pagar todos os impostos. Eu e meus sócios temos um acordo de deixar o valor dos impostos na conta corrente a empresa para os pagamentos periódicos. Desse modo, eu assim o fiz nestes 3 meses. Quando percebi que o valor residual na conta estava se acumulando, perguntei para o meu contador e ele me disse que quem deve recolher os impostos (CSLL, ISS, PIS, COFINS e IRPJ) é o tomador, antes de me enviar o dinheiro. Falei com a empresa que me paga e eles me disseram que não é obrigatório que sejam eles. Segundo meu contador, quando emito a NF, automaticamente o sistema coloca que quem recolhe é o tomador.
A dúvida é essa: quem deve recolher? O tomador? O Prestador (eu)? Qualquer um? Faz diferença?
Outra: estes meses que não foram pagos, como fazer para pagar retroativo? Posso retransferir de volta o valor para a empresa que me paga fazer o pagamento dos impostos? Tenho que retificar alguma NF?

Obrigado.

Bom dia Rafael,

Pelo que eu pude entender, sua empresa presta serviço para um órgão público, correto?
Se for assim, ao emitir a sua nota fiscal, você não deve reter nem um tipo de Imposto, por que as empresas públicas e sociedades de economia mista do Distrito Federal, dos Estados e dos Municípios não se sujeitam as regras de retenção normais, pois de acordo com o artigo 1º, § 3º, da IN SRF nº 475/2004, as mesmas ficam condicionadas ao artigo 30 da Lei 10.833/2003.

Sendo assim, sua empresa é responsavel pelo recolhimento de todos os impostos, pis, cofins, csll, irpj, iss...

A baixo transcrevo a legislação sitada:
INSTRUÇÃO NORMATIVA SRF Nº 475, DE 6 DE DEZEMBRO DE 2004
Disposições Preliminares

Art. 1º Estão sujeitos à retenção na fonte da Contribuição Social sobre o Lucro Líquido (CSLL), da Contribuição para o Financiamento da Seguridade Social (Cofins) e da Contribuição para o PIS/Pasep os pagamentos efetuados às pessoas jurídicas de direito privado, pelo fornecimento de bens ou pela prestação de serviços em geral, inclusive obras, pelos órgão da administração direta, autarquias, e fundações da administração pública do Distrito Federal, dos Estados e dos Municípios, que firmarem convênios na forma da Portaria SRF nº 1.454 de 6 de dezembro de 2004.

§ 1º As retenções de que trata o caput serão efetuadas sem prejuízo da retenção do imposto de renda na fonte das pessoas jurídicas sujeitas a alíquotas específicas previstas na legislação do imposto de renda.

§ 2º As retenções serão efetuadas sobre qualquer forma de pagamento, inclusive os pagamentos antecipados por conta de prestação de serviços para entrega futura.

§ 3º As retenções de que trata este artigo não alcançam os pagamentos efetuados por empresas públicas e sociedades de economia mista do Distrito Federal, dos Estados e dos Municípios, as quais se sujeitam ao disposto no art. 30 da Lei nº 10.833, de 29 de dezembro de 2003.