Deverá fazer a DARF, a lei vedou a compensação da DARF com créditos pois, o pagamento mensal é considerado uma estimativa de imposto e, conforme o texto alterado da Lei 9.430/96 Art. 74, § 3º:
"§ 3o Além das hipóteses previstas nas leis específicas de cada tributo ou contribuição, não poderão ser objeto de compensação mediante entrega, pela sujeito passivo, da declaração referida no § 1o: ...
...
IX - os débitos relativos ao recolhimento mensal por estimativa do Imposto sobre a Renda das Pessoas Jurídicas (IRPJ) e da Contribuição Social sobre o Lucro Líquido (CSLL) apurados na forma do art. 2º desta Lei."
Então se a empresa optou pelo recolhimento anual por estimativa mensal, ela está obrigada a realizar o Pagamento através de DARF, visto que a vedação da lei se deu em relação a compensação apenas e não da opção por estimativa como um todo.
A unica avaliação que pode ser feita, é caso ainda não tenha sido feita a opção pela forma de recolhimento (Anual ou Trimestral), pois no recolhimento trimestral, esse não é uma estimativa, mas sim um imposto já calculado, e sendo isso poderia ser compensado, mas essa avaliação/opção deve ser feita com cuidado, pois dependendo da realidade da empresa pode resultar em um aumento no recolhimento de IR e CSLL.