Simples restituição

Boa tarde, minha contadora não está sabendo como fazer. Foi feito recolhimentos do Simples e depois de 13 meses a Receita nos tirou do Simples, agora estou pagando os impostos do lucro presumido pelo PERT, mas não consigo restituir o que paguei no Simples. Pelo portal do Simples qd entro no restituição, aparece que não tenho nada a restituir, alguém poderia me orientar como fazer, obrigado.