Jaqueline,
Para saber se a retenção é devida, deve ser observado o seguinte:
IN 971/09
Art. 112. A empresa contratante de serviços prestados mediante cessão de mão-de-obra ou empreitada, inclusive em regime de trabalho temporário, a partir da competência fevereiro de 1999, deverá reter 11% (onze por cento) do valor bruto da nota fiscal, da fatura ou do recibo de prestação de serviços e recolher à Previdência Social a importância retida, em documento de arrecadação identificado com a denominação social e o CNPJ da empresa contratada, observado o disposto no art. 79 e no art. 145.
Nota: Acima está claro que na cessão de mão de obra deva ocorrer a retenção. Veja que a retenção se aplica, inclusive, para regime de trabalho temporário. O fato do funcionário ser freelancer não exclui a responsabilidade da retenção.
Contudo, devem ser observados os requisitos abaixo para que a retenção ocorra:
Art. 115. Cessão de mão-de-obra é a colocação à disposição da empresa contratante, em suas dependências ou nas de terceiros, de trabalhadores que realizem serviços contínuos, relacionados ou não com sua atividade fim, quaisquer que sejam a natureza e a forma de contratação, inclusive por meio de trabalho temporário na forma da Lei nº 6.019, de 1974.
A Receita Federal já se manifestou sobre o que é considerado "colocação à disposição da empresa contratante", para melhor entendimento:
Solução de Consulta nº 116 - Cosit de 7 de fevereiro de 2017
"Se a empresa contratante dos serviços não puder dispor dos empregados da contratada, não puder coordenar a prestação do serviço, não ocorre o “ficar a disposição” e, por conseguinte, não ocorre a cessão de mão de obra nos termos do art. 31 da Lei nº 8.212, de 1991."
Ou seja, se os freelancers não puderem ser comandados por quem contrata a agência, então não ocorre a cessão de mão de obra, logo, não deveria sofrer a retenção...