Regularização de atividade / Tributação - Construção e Venda de Imóveis

Prezados, boa noite!

Estou com uma situação meio complicada e queria a opinião de vocês. Estou com uma empresa que é uma marmoraria optante pelo Simples Nacional. O sócio comprou um terreno e depois registrou um contrato de compra e venda para a PJ, isso faz uns 2 anos. Nessa transação não há tributo, pois não houve ganho de capital. O problema é que a empresa construiu vários apartamentos e já vendeu alguns sem pagar nenhum tributo. O correto seria na época ter alterado o contrato social da empresa incluindo a atividade de incorporadora e ter pago os impostos pelo Lucro Presumido ou Real, saindo a empresa do Simples Nacional. Tendo em vista que isso não foi feito na época, como faço para regularizar? Posso fazer a alteração contratual agora e como vou tributar os imóveis que já foram vendidos?