Base Calculo Impostos

Boa tarde a todos

Já li algumas matérias sobre o que preciso, mas continuo tendo dúvidas.
A empresa é uma revenda de veiculos usados, revenda mesmo, não é consignação, ela compra os veículos e os vende.
Sei que para efeito de tributação ela é comparada à consignação. É tributada pelo Lucro presumido.
Minha dúvida é a seguinte.

Ex: Composição base cálculo para efeito de Pis, Cofins, IRPJ e Csll


Nf.saida: 12.000,00 - Nf.entrada: 10.000,00 - Dif. 2.000,00
Nf.saída: 9.000,00 - Nf.entrada: 10.000,00 - Dif. (-1.000,00)

Então, qual a base de calculo?

1.000,00 (2.000,00-1.000,00) ou
2.000,00?
Considero por operação, desprezando os valores negativos, ou considero o total?

Agradeço a quem puder me ajudar

Ana qual é a forma de tributação de "sua" empresa?

Sérgio, é lucro presumido.