Luana Almeida, bom dia.
Você não irá pegar o percentual do Anexo I e incluir no Anexo III, pois isso talvez não daria 100% na soma das participações dos tributos.
O que você fará é calcular, para a mesma empresa, as alíquotas no Anexo I e no Anexo III.
Dai do percentual apurado no Anexo I você irá calcular o percentual de participação de ICMS. Depois de calculado, você deixa ele separado.
Dai agora do percentual apurado no Anexo III você irá calcular o percentual de participação de ISS. Dai mesma coisa, deixa ele separado.
Dai agora é só você pegar o percentual calculado no Anexo III - participação de ISS no Anexo III + participação de ICMS no Anexo I.
Vamos ao exemplo prático para você entender melhor (vou usar percentuais totalmente aleatórios tá):
Vamos supor que você calculou o Anexo I e achou um percentual de 9,21% e a participação de ICMS em 3,08%.
E no Anexo III você apurou o percentual de 13,64% e participação de ISS em 4,43%.
Dai é só aplicar na formulinha que passei: percentual calculado no Anexo III - participação de ISS no Anexo III + participação de ICMS no Anexo I.
Vamos lá:
13,64% - 4,43% + 3,08% = 12,29%
Logo, a alíquota aplicada a um transporte intermunicipal/interestadual será de: 12,29%.
"Nas horas difíceis, jamais baixe a cabeça, porque a solução para o problema não está no chão, mas sim na sua determinação."