Juliano,
Se o bônus decorre de aquisição de mercadoria, o valor recebido será abatimento do valor do estoque ou do custo dos produtos vendidos (no caso do bônus ter sido recebido após a venda. 
Veja o que diz o item 11 do Pronunciamento Técnico CPC 16 (R1): 
11.  O custo de aquisição dos estoques compreende o preço de compra, os impostos de importação e outros tributos (exceto os recuperáveis junto ao fisco), bem como os custos de transporte, seguro, manuseio e outros diretamente atribuíveis à aquisição de produtos acabados, materiais e serviços. Descontos comerciais, abatimentos e outros itens semelhantes devem ser deduzidos na determinação do custo de aquisição.