Karina,
A base de cálculo, nesse caso, é definida no art. 2o da Lei 9.718, que manda aplicar o art. 12 do Decreto-lei 1.598. Vejamos:
CAPÍTULO I
DA CONTRIBUIÇÃO PARA O PIS/PASEP E COFINS
Art. 2° As contribuições para o PIS/PASEP e a COFINS, devidas pelas pessoas jurídicas de direito privado, serão calculadas com base no seu faturamento, observadas a legislação vigente e as alterações introduzidas por esta Lei.
Art. 3o O faturamento a que se refere o art. 2o compreende a receita bruta de que trata o art. 12 do Decreto-Lei no 1.598, de 26 de dezembro de 1977.
O Decreto-lei n. 1.598 define receita bruta nos seguintes termos:
Art. 12. A receita bruta compreende:
I - o produto da venda de bens nas operações de conta própria;
II - o preço da prestação de serviços em geral;
III - o resultado auferido nas operações de conta alheia; e
IV - as receitas da atividade ou objeto principal da pessoa jurídica não compreendidas nos incisos I a III.
Veja essa Solução de Consulta:
MINISTÉRIO DA FAZENDA
SECRETARIA DA RECEITA FEDERAL
SOLUÇÃO DE CONSULTA Nº 8 de 27 de Janeiro de 2011
ASSUNTO: Imposto sobre a Renda de Pessoa Jurídica - IRPJ
EMENTA: LOCAÇÃO DE IMÓVEIS PRÓPRIOS. A receita bruta, para fins de apuração da base de cálculo do imposto de renda com base no lucro presumido, é representada pelo valor total contratado e faturado, independentemente de haver ou não destaque de cada parcela nos documentos de cobrança - notas fiscais, recibos, faturas, etc.. O fato da locadora efetuar o destaque, em documentos de cobrança, de parcelas de IPTU e de seguros, não altera o tratamento fiscal-tributário correto aplicável, mesmo que fique determinado nos contratos de locação que é obrigação dos locatários o pagamento destas despesas.
A base de cálculo é a receita bruta, sem dedução de parcela alguma exceto devoluções de vendas. Portanto, o valor tributável é o valor do aluguel constante do contrato de locação; a comissão é uma despesa que não pode ser abatida da receita bruta porque não há autorização legal.