Juliana,
Sobre esse tema foi editado o Parecer Normativo COSIT n. 05/2018, que diz:
2. INEXISTÊNCIA DE INSUMOS NA ATIVIDADE COMERCIAL
40. Nos termos demonstrados acima sobre o conceito definido pela Primeira Seção do Superior Tribunal de Justiça, somente há insumos geradores de créditos da não cumulatividade da Contribuição para o PIS/Pasep e da Cofins nas atividades de produção de bens destinados à venda e de prestação de serviços a terceiros.
41. Destarte, para fins de apuração de créditos das contribuições, não há insumos na atividade de revenda de bens, notadamente porque a esta atividade foi reservada a apuração de créditos em relação aos bens adquiridos para revenda (inciso I do caput do art. 3º da Lei nº 10.637, de 2002, e da Lei nº 10.833, de 2003).
42. Em razão disso, exemplificativamente, não constituem insumos geradores de créditos para pessoas jurídicas dedicadas à atividade de revenda de bens: a) combustíveis e lubrificantes utilizados em veículos próprios de entrega de mercadorias; b) transporte de mercadorias entre centros de distribuição próprios; c) embalagens para transporte das mercadorias; etc.
Portanto, parece claro que - numa empresa de comércio varejista - esses créditos não serão reconhecidos pela Receita Federal. Assim sendo, recomendo que você discutam internamente a questão e que você exija uma posição por escrito dos seus superiores caso eles não reconheçam como correta a posição da Receita Federal.