NFS-E zerada

Sou estagiaria de direito, e aconteceu assim:

Houve uma licitação para adquirir cartões de vale alimentação, e foi contratado com uma empresa de São Paulo. Acontece que essa empresa mandou a nota fiscal zerada, acompanhada de uma nota de débito que indicava os valores. Quando questionamos a razão da nota fiscal ser emitida sem valor algum, eles responderam dizendo que na nota fiscal só poderia ser cobrado o valor do serviço prestado pela empresa, visto que é uma prestadora de serviços, e elas só repassam o crédito para o tomador, sendo que apenas gerencia esse crédito, e que eles como intermediários não lucram com o serviço que foi prestado ao Estado, que o lucro é somente com a empresa que repassa o credito, creio eu. Além disso, quando pesquisei um pouco sobre, descobri que outra empresa semelhante, também de São Paulo, passou por essa mesma situação, sendo que "legislação do município de São Paulo" não autoriza deduzir os repasses da base de cálculos para fins de NFS-e, bem como menciona "as atividades desenvolvidas pela [empresa] estão sujeitas ao recolhimento do ISS sob a alíquota de 2%, contudo, “a base de cálculo do imposto é o preço do serviço, não englobando valores recebidos para fins de repasse, que não expressam valoração econômica dos serviços prestados”.
Gostaria de saber se há uma legislação que posso usar para fundamento, ou qualquer outro fundamento para um parecer jurídico. Passei o dia todo procurando, e não tive direito tributário ainda, a unica coisa que achei foi esse link https://www.contadorperito.com/pergunta/51650