Emissão de MDF-e para retorno de bens ativos

Boa tarde
Presto serviço de transporte para empresa de soldas de Atibaia, par todo o Brasil.
A mesma emite notas fiscais dos equipamentos que após serviço retornam para mesma, bens ativos.
Meu CT-e é emitido para ida e volta, o caminhão fica a disposição da empresa nos locais de serviço e minha prestação de serviço só encerra em SP.
Estou tendo problemas no estado do Maranhão, fiscais estão exigindo MDF-e de retorno, e me orientaram que pode ser feito com o mesmo CT-e.
Porém o aplicativo usado não está permitindo a emissão de novo MDF-e com mesmo CT-e.
Inclusive tive problema com Sefaz Maranhão num transporte feito do Pará, Maranhão era apenas trânsito. Fomos multados no posto fiscal de Estreito, MA. Fiscal alegou que o MDF-e não era válido para o retorno.
Preciso uma orientação correta sobre como proceder nesse caso específico com Sefaz Maranhão.

Desde já agradeço