Emissão de nota fiscal de transporte

Uma transportadora veio buscar uma mercadoria na empresa, mas o prazo de trânsito expirou e o volume ficou preso no embarque deles. O fornecedor nos orientou a fazer uma nf de transporte. A empresa nunca fez esse procedimento e o que sempre fizemos foi dar entrada na nf e emitir outra nota de saída. Qual o procedimento correto? Como fazer uma nf de transporte?