Emissão CTE - Processo de Devolução

Bom dia, 

Por favor, poderia me ajudar com a situação abaixo:

Existe alguma problema fiscal ref. a  emissão do CTE transportadora (Primavera do Leste-MT) ref. a coleta de devolução abaixo:
 
Veículo coletou mercadoria nos seguintes Estados com destino Cuiabá-MT:
 
1 coleta – Goiás
2 coleta – Mato Grosso do Sul
3 coleta – Mato Grosso.
  
A Transportadora emita os CTEs com o CNPJ da primeira coleta, ou seja de Goiás. Existe algum problema a Transportadora emitir CTE de Goiás para os Estados do MS e MT?

Como deve  ficar a emissão dos CTEs para este caso?

Desde já agradeço.

Att;
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