Convênio para retenção de PIS/COFINS/CSLL

Bom dia.

Uma empresa, que não é optante pelo simples nacional, prestou serviço (" 4.02 Análises Clínicas, patologia, eletricidade médica, radioterapia, quimioterapia, ultra-sonografia, ressonância magnética, radiologia, tomografia e congêneres") para a Câmara na qual trabalho e, ao emitir a nota fiscal, fez retenções de PIS, COFINS, IR e CSLL. Verifiquei que, como o tomador de serviço é um órgão da administração direta, há a necessidade ter convênio entre o Município e a RFB, conforme dispõe a Portaria nº 1.454/2004, a qual foi emitida pelo fisco federal. Suponhamos (considerando que se houver convênio, basta que seja emitido DARF e o mesmo recolhido) que não haja o convênio entre o Município e a RFB para fins de retenção de PIS/COFINS/CSLL, como o prestador de serviço deve proceder? Ele já prestou o serviço, mas está pendente essa situação da nota fiscal para que receba pelo serviço prestado.

Obrigada e aguardo respostas.