IRRF apuração regime de competência?

Bom dia!
Estou com um problema e gostaria da informação de vocês.
Minha auditoria está cogitando a forma de apuração vinda das informações do Departamento Pessoal para a contabilização do IRRF por competência.   Entendo que até pelo RIR a apuração é feita por regime de Caixa.   Ja debati e queria um parecer técnico de vocês se é possível essa forma de apuração.    O que eles alegam é que a DIRF não bate com a folha de pagamento.   Em todos esses anos trabalhando com isso (30 anos) nunca tive problemas com isso na apuração da DIRF.   De tanto debater, gostaria da informação técnica de vocês para poder responder a auditoria.