Kelly, a restituição pode levar até 5 anos para ser homologada (recebida). A forma que utilizamos aqui na empresa quando ocorrem estes casos é fazer um pedido de compensação, através do programa Perdecomp 4.3.
Deve ser feito um pedido para cada darf. Você informa os dados (data do pagamento, valor pago, dados do darf, selic - correção a partir do mês seguinte ao pagamento) e informa com qual débito você quer compensar. Pode ser do mesmo código ou outro possível. Verifique na ajuda do programa as exceções.
A entrega do Perdecomp, pelo ReceitaNet, é considerada como pagamento efetivo do darf, então você deve enviá-lo até o vencimento do tributo, ou calcular multa e juros, se for o caso.
Na DCTF você informa o débito total do código que foi compensado, e quitação através da compensação pela decomp e pagamento do restante via darf, se for o caso.
Caso você devida solicitar a restituição, basta preencher o Perdecomp e escolher pedido de resituição. Vai te pedir dados de conta para o depósito. Também deve ser enviado via ReceitaNet.
Mas como te falei, a compensação com outros débitos é permitida e a maneira mais rápida de reaver o valor pago indevidamente.
Se ficou confuso, posso te explicar melhor por e-mail e te passar as telas do programa.