Bom dia Alexandre
você se refere a que tipo de Certificado?
A1 ou A3, se for A3, qual exatamente é a mídia utilizada? poderia dar mais detalhes? já tentou a partir do site da certificadora que forneceu o certificado observar o guia de uso/instalação? está com a hierarquia de certificação atualizada? o java tbem? faça uma revisão das informações e se mesmo assim não conseguir você traz as dificuldades para cá e a gente tenta ajudar. durante esses testes sugiro que use o internet explorer para ajustes e testes de funcionamento, e secundariamente o chrome para testar novamente o uso/funcionamento.
Veja também se o seu problema de assinatura tbem ocorre em qualquer outra declaração (EFD, DCTF) ou somente nesta a que se refere.
Sds
Alessandro