Você precisa entender a operação, primeiro ponto.
Pq a pj esta bonificando? Essa será a regra da operação!
Quando a bonificação de mercadorias está inserida na operação de compra e venda, na forma de desconto incondicional, então ocorre a denominada “dúzia de treze”: este desconto incondicional será deduzido do custo de aquisição para quem compra, ao tempo que é deduzido da receita auferida para quem vende. Com isso, a entidade vendedora terá como custo de venda o valor de todos os itens entregues, enquanto que sua receita será líquida do desconto concedido incondicionalmente, gerando um lucro menor na operação.
cabe lembrar que pelo seu comentário "Mas geralmente assim, ele emite nota separado uma de venda e outra nota de bonificado, mas para o mesmo cliente e no mesmo dia.
Se for assim então, toda empresa vai vender como bonificação, para não pagar mais imposto" que a pj jurídica que tem o habito de emitir diversas notas no mesmo dia contra a mesma pj a RFB tem monitorado e se for comprovado que ela usa deste artificio para suprimir tributação, reponderá por crime contra a ordem tributária.
Indico a leitura à seguir:
Lei n° 8.137/1990
Os artigos 121 e 122 do CTN