Primeira coisa a saber é qual a razão da retificação, pois haverá situações especificas na IN RFB n° 1.599/2015, que poderá implicar nessa retificação.
A alteração das informações prestadas em DCTF, nas hipóteses em que admitida, será efetuada mediante apresentação de DCTF retificadora, elaborada com observância das mesmas normas estabelecidas para a declaração retificada.
A DCTF retificadora terá a mesma natureza da declaração originariamente apresentada e servirá para declarar novos débitos, aumentar ou reduzir os valores de débitos já informados ou efetivar qualquer alteração nos créditos vinculados.
A retificação não produzirá efeitos quando tiver por objeto:
I - redução dos débitos relativos a impostos e contribuições:
a) cujos saldos a pagar já tenham sido enviados à Procuradoria-Geral da Fazenda Nacional (PGFN) para inscrição em DAU;
b) cujos valores apurados em procedimentos de auditoria interna, relativos às informações indevidas ou não comprovadas prestadas na DCTF, sobre pagamento, parcelamento, compensação ou suspensão de exigibilidade, já tenham sido enviados à PGFN para inscrição em DAU; ou
c) que tenham sido objeto de exame em procedimento de fiscalização; e
II - alteração dos débitos de impostos e contribuições em relação aos quais o sujeito passivo tenha sido intimado de início de procedimento fiscal.
Todavia, uma vez que você sobrepõe a informação original entendo que deverá alocar os receptivos pagamento para que quando a RFB por meio de auditoria interna confronte a informação elá já tenha de onde confrontar.