Boa tarde,
faltam informações para que eu possa dar uma resposta exata, mas considerando que é um comércio varejista do simples e que está dentro do sublimite, nem o comércio, nem a prestação de serviço tem IPI, ele seria devido se a empresa fosse uma indústria ou importasse diretamente algum produto para venda, para calcular o IPI no simples você deve escolher a opção VENDA e não REVENDA, o próprio sistema do simples calcula o valor.
Com relação ao ICMS se a empresa é comércio, você deve observar se os produtos estão na substituição tributária, se não estiverem você vai escolher a opçao de revenda sem substituição tributária e o próprio sistema irá calcular o ICMS que sairá dentro da guia do simples.