Alexandra Zamonaro, boa tarde.
Para NFSe calcule o Anexo III e aplique a alíquota, sem mistério.
Para CTe, calcule o Anexo I e calcule a participação do ICMS na alíquota apurada. Se você fez o calculo do Anexo III para as NFSe, só pegue a alíquota encontrada e agora encontre o percentual de participação do ISS. Agora substitua o percentual de participação do ISS pelo de ICMS encontrado com base no Anexo I.
Exemplo:
Anexo I - Alíquota 4% - Percentual de participação do ICMS 1,36% (4% x 34%)
Anexo III - Alíquota 6% - Percentual de participação do ISS 2,01% (6% x 33,50%)
6% - 2,01% + 1,36% = 5,35% <- alíquota a ser aplicada para os CTes.
Tudo isso se for tributada. Agora, você disse que está com isenção. Se realmente for assim, simplesmente retire a parcela de ISS, exemplo:
6% - 2,01% = 3,99% <- alíquota a ser aplicada para os CTes COM ICMS ISENTO.
PS: Fiz todos os cálculos com base na 1ª Faixa.
"Nas horas difíceis, jamais baixe a cabeça, porque a solução para o problema não está no chão, mas sim na sua determinação."