Venda de produtos importados para órgãos públicos, qual CST Pis/Cofins ?

Bom dia á todos,
Estou com uma dúvida, um cliente diz que precisa emitir uma nota de venda para órgão público, e quer orientação para emissão da nota.
Informei o cst para pis/cofins de venda normal 01, porém a cliente alega que a informação que o órgão lhe enviou para emissão da nota, seria cst 06.
Desta forma, a mercadoria não incidirá impostos á pagar, a cliente alega que, para pagamento, o valor dos impostos serão descontados do valor total da nota.
Não estou conseguindo visualizar a situação, alguém poderia me orientar ?