Bom dia Prezados Colegas,
De acordo com a LC 116/2003, que trata do ISS e suas incidências, seu Art. 2° trás a seguinte redação:
Art. 2o O imposto não incide sobre:
I – as exportações de serviços para o exterior do País;
II – a prestação de serviços em relação de emprego, dos trabalhadores avulsos, dos diretores e membros de conselho consultivo ou de conselho fiscal de sociedades e fundações, bem como dos sócios-gerentes e dos gerentes-delegados;
III – o valor intermediado no mercado de títulos e valores mobiliários, o valor dos depósitos bancários, o principal, juros e acréscimos moratórios relativos a operações de crédito realizadas por instituições financeiras.
Parágrafo único. Não se enquadram no disposto no inciso I os serviços desenvolvidos no Brasil, cujo resultado aqui se verifique, ainda que o pagamento seja feito por residente no exterior.
De acordo com o relato pelo Colega Rafael, o fato do pagamento ter vindo do exterior não interferirá na tributação e faturamento desta NFSe, haja vista que o resultado do serviço é verificado no Brasil.
Aconselho que verifique a legislação do seu município, pois, mesmo com amparo da Lei Complementar, municípios, a exemplo o de SP, que acaba criando decretos e leis municipais de redação contrária a LC Federal.