Boa tarde Ana Carolina da Silva!
Em primeiro lugar gostaria de lhe dar as Boas Vindas em nome de todos aqui do Fórum.
É um prazer tê-la aqui e espero que goste do nosso Fórum, aprenda muito e nos ajude ainda mais.
Em relação à sua dúvida, diferentemente do que disse o amigo Sandro Machado de Oliveira, existe problemas sim e, há evidências de que algo está errado.
Mas não tem como responder com toda a certeza, já que nos faltam mais informações.
Antes de mais nada, vale a pena ressaltar que, no início de sua mensagem você afirma que "Uma empresa apresentou dois Recibos de Declação de Pessoa Jurídica do ano calendário 2005; sendo um na condição de Empresa de Pequeno Porte (EPP)".
Vale a pena ressaltar que, uma empresa, independentemente do seu regime de tributação, será classificada como ME ou EPP de acordo com o seu faturamento bruto anual.
Mas, de acordo com o teor de sua mensagem, penso que você queria dizer que a empresa era optante pelo (já extinto) Simples Federal ao citar "Uma empresa (...) na condição de Empresa de Pequeno Porte (EPP)".
E, pelas datas informadas por você, imagino ainda que a referida empresa era optante pelo (já extinto) Simples Federal.
Neste regime de tributação, de acordo com o § 2º, Artigo 8º da Lei nº 9.317/96, "A opção exercida (...) submeterá a pessoa jurídica à sistemática do SIMPLES a partir do primeiro dia do ano-calendário subseqüente, sendo definitiva para todo o período (grifo meu)".
Isto quer dizer que, a priori, a empresa deverá ser optante pelo Simples (Federal) durante todo o ano-calendário, não sendo permitido a exclusão ou troca de regime de tributação durante o ano, o que impossibilitaria a entrega de duas declarações no ano.
Como você não nos informou o motivo da exclusão do Simples Federal, não tem como ajudá-la em relação início dos efeitos desta exclusão.
Mas, você mesma poderá analisar diretamente no Artigo 15º da referida Lei nº 9.317/96.
Se os efeitos da exclusão iniciaram "a partir do mês subseqüente ao que for incorrida a situação excludente", está correta a entrega das duas declarações no ano.
Caso contrário, tem algo de errado.