Boa tarde, Lucas!
A Lei n. 7.798/89, em seu art. 15, determinou a inclusão do frete na base de cálculo do IPI, quando cobrado do comprador. Essa exigência é marcante para empresas que industrializam/importam produtos e revendem por e-commerce (Mercado Livre, Amazon ou site próprio).
De acordo com a lei, tem de pagar. Porém, a jurisprudência tem decidido pela inconstitucionalidade dessa lei, com base em entendimento do STF. Na prática, o contribuinte tem de judicializar, pois a Receita Federal faz a cobrança e a empresa pode ser autuada se deixar de recolher sem lastro em decisão judicial.
Falo por experiência própria, pois nosso escritório já trabalhou com casos idênticos, de empresas que trabalham 100% com mercadoria importada e revenda via Mercado Livre, com frete cobrado do adquirente.