Boa tarde R. Oliveira!
Na empresa em que eu trabalhava adotavamos o seguinte procedimento:
Foi definido entre os gestores um valor limite para ajustes (considerado irrelevante);
Quando ocorria o ajuste lançavamos para uma conta de perda (Indedutível) não relacionada a nenhum centro de custo específico para não prejudicar a análise e apuração dos custos.
Os valores acima do limite eram solicitados esclarecimentos pelo responsável pela guarda/controle dos estoques. Só realizávamos os ajustes com autorização do gerente do setor e do gerente geral.
Para os acréscimos de inventário o procedimento era o mesmo.
Tudo documentado é claro.
Tinhamos auditoria externa e nunca tivemos problemas adotando este procedimento.
Algum colega, mais experiente do forum, talvez possa lhe responder com mais embasamento