Parcelamento MEI pago após rescisão

Olá, eu estava com o parcelamento do meu MEI atrasado e dia 14/01 emiti as 4 parcelas em aberto (três vencidas e uma que venceria esse mês), os boletos tinham o vencimento para o dia 31/01 e dia 17/01 paguei, porém hoje fui conferir e meu parcelamento foi rescindido dia 16/01. Gostaria de uma orientação sobre como recuperar meu dinheiro.

Bom dia, Alani! 
Realmente o parcelamento é rescindido quando houver a falta de pagamento de 3 (três) parcelas, consecutivas ou não.
Pelo que relatou, foi rescindido antes do pagamento ser reconhecido, e nesse caso como o MEI é âmbito federal, sugiro buscar um atendimento junto a Receita Federal (através do chat online - no portal ECAC).
Lá tem a classificação do tipo de atendimento, daí é só explicar sua situação e acordarem a resolução.
Que acredito ser o pedido de restituição do valor pago, ou abatimento em um possível novo parcelamento.

Muito obrigada pela resposta, vou procurar atendimento por lá.