Tributação para Laboratórios de Análises Clinicas

Prezados, Boa Tarde!

Estou iniciando a escrituração de uma empresa na atividade de Analises Clinicas. Recebi uma informação de terceiros e queria a colaboração de vocês para apurar a veracidade e como proceder.
Foi me passado que, por meio da promulgação da Lei 9.249/1995, as clínicas e os laboratórios prestadores de serviços optar ser tributadas em relação ao Imposto de Renda (IRPJ) e Contribuição Social (CSLL) pelo lucro presumido, resultando num percentual de base de cálculo de 32% sobre a sua receita bruta para fins de aplicação de alíquota do IRPJ e CSLL. 
No caso da minha empresa, pela é tributada pelo Lucro Real, aí vem a minha dúvida. No caso das notas com retenção aplicarei a alíquota de lucro real (1,65% Pis e 7,60% Cofins) e somente na apuração dos impostos eu utilizarei a alíquota reduzida (0,65% e 3,00% Pis/Cofins)?
Minha dúvida é porque a Contabilidade antiga do cliente emitia a nota já pela alíquota de Lucro Presumido e apurava os impostos pela mesma alíquota.

Certo da colaboração de vocês, desde já agradeço.