Bom dia Cristiane Silva.
Sim, as entidades imunes/isentas também precisarão de Certificado Digital. Veja abaixo, a IN RFB 969 de 10/2009, atualizada pela IN 995 01/2010.
Instrução Normativa RFB nº 969, de 21 de outubro de 2009.
Art. 1º A partir de 1º de janeiro de 2010, para a transmissão de declarações e demonstrativos pelas pessoas jurídicas tributadas com base no lucro real, no lucro presumido ou no lucro arbitrado, é obrigatória a assinatura digital, efetivada mediante utilização de certificado digital válido.
Art. 1º É obrigatória a assinatura digital efetivada mediante utilização de certificado digital válido, para a apresentação,, das declarações e por todas as pessoas jurídicas, exceto as optantes pelo Regime Especial Unificado de Arrecadação de Tributos e Contribuições devidos pelas Microempresas e Empresas de Pequeno Porte (Simples Nacional)dos demonstrativos a seguir relacionados: (Redação dada pela Instrução Normativa RFB nº 995, de 22 de janeiro de 2010)
Observe que a IN 995 altera o art 1º, e passa a determinar que todas as empresas necessitarão de Certificado Digital, exceto as empresas enquadradas no Simples Nacional.
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Veja IN 969 atualizada, clique clique aqui
Espero ter ajudado.