Transporte por subcontratação

Tenho uma empresa optante do simples nacional, que faz transporte por substituição e não esta mandado os arquivos xml das CT-es que ele emite para contabilização, alegando que os impostos ja foram recolhidos pela substituída. Pelo que sei somente o imposto do ICMS é que é recolhido pela substituída, os demais impostos da DAS - IRPJ, PIS, COFINS E CSLL  devem ser recolhido pelo substituto, ou  estou errado? por favor me ajudem nesta duvida. 

Boa tarde,

Sim, sua análise está certa.
No transporte, a Substituição Tributária incide apenas para o ICMS em SP.
Se a empresa se nega a enviar os arquivos XML, não tem como contabilizar mesmo, pergunte ao sócio se está ciente dos riscos e envie o embasamento legal.
Sua parte vc fez.

At. te