Boa tarde,
O Estabelecimento Bancário (nestes casos) é obrigado a tomar providências junto a Secretaria da Receita Federal no sentido de regularizar a situação.
Imprima o DARF autenticado, a impossibilidade de obtenção de Certidão Negativa e a respectiva acusação de pendência (emitida pela Receita Federal) pelo não pagamento do mesmo, e leve-os ao gerente da conta em questão. Ele (repito) é obrigado a tomar providências junto a Receita e lhe apresentar Certidão Negativa como prova disto.
Caso se negue a empresa pode processar o Banco e inclusive exigir indenização por lucros cessantes, face a não obtenção da Certidão Negativa de Débitos.
Alternativamente, você pode "trabalhar para o Banco" e ir pessoalmente a Secretaria da Receita Federal mais próxima com vistas a regularizar a situação, conforme acertadamente lhe orientou a Isis.
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