Substituição NFS-e

Estou com um caso onde o fornecedor emitiu uma NF e substituiu a mesma 3 meses depois onde o código do serviço que ele emitiu é passível de retenção de PCC + IR (recolhimento dos impostos realizado). No registro contábil da nota fiscal que foi substituída, fizemos novamente a retenção dos impostos da NF substituta. Pergunto, neste caso o recolhimento é feito apenas uma vez, visto que a substituição serve apenas para corrigir uma informação incorreta e tecnicamente ambas as notas estão interligadas?