Boa tarde,
O CTe com erro (o primeiro emitido) não pode ser cancelado porque as regras de cancelamento não mudaram. Além disso, pode ser que tenha um manifesto atrelado à ele e pela ordem, o Manifesto tem 24 horas de prazo para ser cancelado, pra daí habilitar o cancelamento do CTe.
Dito isto: No sistema que você usa ou seu cliente deve ter algo como Tipo do Documento Fiscal > CTe > Emissão > Normal.
Este seria o primeiro CTe emitido que acompanhará a NF no transporte. Havendo erro e após a realização do evento "prestação de serviço em desacordo" pelo Tomador do CTe, a transportadora estará habilitada em seu sistema Tipo de Documento Fiscal: CTe > Emissão > Substituto.
Portanto, verificar se o ERP tem essa funcionalidade pois daí no tipo "Substituto" deverá ter um campo editável que importe a chave de acesso do primeiro CTe (emitido errado). E não esquecer das informações complementares citando base legal.
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