Bom dia
Leonardo, tive um caso de uma empresa que tinha uma atividade impeditiva antes mesmo de entrar no simples nacional, isso em 2007, o que foi feito? retirou o cnae impeditivo, mas o cliente quis manter o nome fantasia que tinha referencia a aquela atividade.
Ok, pois bem, o cliente conseguiu entrar no simples nacional, com os cnaes permitidos, mas, um belo dia precisou fazer um pedido de reembolso para a receita (perd/comp) a receita indeferiu e ainda disse que ele tinha uma atividade impeditiva, desenquadrou ele retroativamente, e exigiu todos os recolhimentos como lucro presumido/real, foram feitas varias apelações e mesmo assim a receita não atendeu, e não voltou atrás, o cliente simplesmente largou a empresa.
No seu caso, se a atividade for concomitante, então prossiga sem a alteração contratual, mas se for impeditiva, te aconselho a alterar.