Boa tarde colega!
Se for prestadora de serviços tem uma possibilidade de resolver de maneira mais simples, entre em contato com a prefeitura de sua cidade, informe o ocorrido, confesse toda a divida e verifique se existe a possibilidade de lançamento de oficio por parte da prefeitura de todo o ISS não pago, assim você ainda terá de pagar o imposto com as multas e juros devidos, mas pelo menos evita de ter de corrigir todas as notas emitidas.
Se for comercio/indústria ai o problema é um pouco maior, não há como se livrar de corrigir tudo, assim teria de registrar em Livro Registro de Ocorrência do seu estado o ocorrido e emitir NF complementar de ICMS para cada nota que foi deixado de recolher o imposto, retificar todos as EFDs e recolher o imposto devido com as devidas correções.
E, em ambos os casos, tem de retificar as demais declarações do Lucro Presumido, se for o caso, como EFD Contribuições, DCTF e DCFWeb, Reinf, ECF, etc..
E, por fim, proceder com os ajustes na folha de pagamento, se for o caso.