DAS gerado com atividade errada

Gerei o DAS de uma empresa prestadora de serviços com a atividade de comércio. Quando percebi o erro, emiti outra guia com os dados corretos, porém, o responsável pela empresa já havia efetuado o pagamento da primeira guia, e nela, foi recolhido um valor de ICMS. Foi gerada uma guia avulsa para tentar resolver o problema, só que o valor dessa nova guia (referente ao ISS que ficou pendente), é bem maior que a diferença dos dois DAS iniciais. Esse valor não foi pago e está constando uma pendência na empresa, e pagar esse valor, ao meu ver, não é uma boa opção, porque ele ficou bem acima da diferença das duas guias. Como posso prosseguir para resolver essa questão?
Desde já, agradeço.

Daiana, o DAS inclui impostos federais, estaduais e municipal. 
O valor referente à esfera Federal você pode compensar com o DAS de períodos futuros, através do PER/DCOMP.
O valor referente ao Estado, você precisa fazer o pedido de restituição desse valor junto à SEFAZ do seu Estado.

Espero ter ajudado

Opa apenas uma correção do colega Adriano, do simples nacional não é pelo PER/DCOMP.

Compensação e Restituição (Simples e Simei)
Compensação a pedido do Simples Nacional Pedido Eletrônico de Restituição (Simples e Simei)
Dentro do e-cac tmb

Sim, vc poderá fazer uma compensação, caso o debito não seja compensa pois dentro do simples é possível compensar federal com federal, estadual com estadual e municipal com municipal. 
Após feitas as compensação dos demais imposto e ficar somente o Estadual para compensa com municipal, deverá abrir um chamada na receita e pedir orientação do processo de compensação , provavelmente vão pedir para montar um processo administrativo e informar o simples nacional do seu município  e verificar se o estado não irá te notificar