Robson,
Seu cliente está indo em desencontro a diversos normativos e princípios.
Primeiramente é proibida a confusão patrimonial em respeito o princípio da entidade, outra questão é que a ele poderá sofrer bitributação pela confusão patrimonial, ou seja, IR direto pelo recebimento na conta PF e a tributação dele na empresa conforme seu enquadramento.
Respondendo sua dúvida, a RFB tanto pode cobrar IR dele na qualidade de PF quanto também poderá exigir pela PJ e junto ao órgão estadual a cobrança de eventuais descumprimentos da legislação fiscal.
É válido lembrar que existem casos que a RFB poderá considerar apenas a conta PF, é o caso de MEI, embora ainda sim o recomendado seja uma conta PJ, para evitar quaisquer transtornos.
Um risco eminente é que essa confusão pode levar à desconsideração da PJ, o que implica em atingimento de bens pessoais dos sócios.
No mais é isso, não é encontrado diretamente uma vedação tributária para o feito, mas há os riscos fiscais da administração tributária entender de tal forma que onere bastante a PF e a PJ.
Recomendo leitura do CARF (resumido) pela RFB:
Acórdão: 1102-001.301/2015 - https://carf.fazenda.gov.br/sincon/public/pages/ConsultarJurisprudencia/listaJurisprudencia.jsf?idAcordao=5850095
Acórdão:3401-000.050/2009 - https://carf.fazenda.gov.br/sincon/public/pages/ConsultarJurisprudencia/listaJurisprudencia.jsf?idAcordao=5812667
"A virtude de uma pessoa mede-se não por ações excepcionais, mas pelos hábitos cotidianos!"
Kaik R. Vieira
Contador (setor público e privado)
Ex-Perito Judicial
CRC: 0021187/O - ES
Vitória/ES