Jose,
Você até pode reabrir a folha para fazer uma retirada pro labore maior que faça com que a empresa volte a ser tributada pelo Anexo III, mas isso fará com que a DCTFWeb seja recalculada e assim vai gerar a diferença de imposto + multa e juros para recolher.
Exemplo: Se minha folha é só um pro labore de salário mínimo sem funcionário nenhum = 1.412,00
Nesse caso o valor do imposto referente a contribuição de INSS s/ Pro Labore é de R$ 155,32;
Se você alterar a contribuição para dois salários mínimos = R$ 2.824,00 o INSS seria de R$ 310,64 e então você teria que recolher os 155,32 faltantes + multa e juros.
Não é muito legal ficar reabrindo a folha e alterando o valor dessa forma... Mas a depender dos valores a pagar, compensa fazer isso e pagar multa e juros.