RETIFICAÇÃO DE DCTF COM NOVOS VALORES E PAGAMENTOS NÃO IDENTIFICADOS

Boa noite, amigos.

Estou realizando uma correção na apuração de uma empresa. Ela é do Lucro Presumido e sempre pagou o IRPJ e CSLL com a presunção de 32% e por cotas. Após, estudo tributário, identifiquei que ele possuía receitas tributadas em presunções menores, 12% CSLL e 8% IRPJ. Retifiquei a DCTF dos últimos 60 meses com os novos valores de débitos, e lancei o pagamento das guias pagas na épocas suficientes para quitar os novos débitos, sem ser por cotas. Exemplo:

DCTF original de MARÇO de 2020
IRPJ - 2089 
Total do Débito = 3.000,00
Pagamentos em 3 cotas de 1.000,00, apresentadas os detalhes dos pagamentos na DCTF de 06/2020.

DCTF retificadora de Março de 2020
IRPJ - 2089
Total do débito = 800,00
Pagamento: Peguei o DARF da primeira cota paga e lancei

Período de apuração 31/03/2020
Vencimento 30/04/2020
Valor principal = 1.000,00
Valor pago do Débito = 800,00

Entretanto, ao entrar no Portal do ECAC a Receita está cobrando os 800,00 reais do IRPJ. Ou seja, o pagamento realizado por cota não abateu o débito. 
Foram retificadas 20 DCTF nesse mesmo modelo do exemplo, mas apenas 4 Trimestres apresentam essa situação. 

Alguém me ajuda? 

Boa tarde Tiago,
Por acaso você também efetuou a retificação da ECF? Visto que é nesta declaração que vai efetuar o cruzamento  as guias recolhidas com os valores declarados.
Att.

Ainda não. Mas já irei retificar também. 

Mas se a ECF é a responsável pelo cruzamento do pagamento com o débito declarado, como que fica o período atual de 2024, que está na mesma situação e só iremos entregar ECF no meio do ano que vem?