Empresa Construção Civil / Impostos

Meu cliente é MEI e vai desenquadrar para ME, pois o limite esta quase ultrapassando. A duvida é que quando ele fecha um serviço ele passa o preço total para o engenheiro e dentro desse valor esta a mão de obra dos ajudantes que são MEI ( não tem funcionário registrado) e as despesas com transporte. A duvida seria que para emissão de nota fiscal, ele vai emitir o valor total do serviço e pagar imposto sobre tudo né?? 

Exatamente. Ele tem que pagar os impostos sobre o valor total da NF que a empresa emitir.
A melhor alternativa é que os ajudantes façam as suas respectivas NF de MEI.

Sim os ajudantes já tem as MEI, só que ele recebe o repassa para os ajudantes, essa era nossa duvida, dentro do valor bruto que ele recebe, tem o gasto com os ajudantes e despesas de transporte , msm assim ele emitiria NF bruta e pagaria imposto sobre o bruto?