MIT RETIFICADO

Bom dia.
 A empresa pagou valor maior de pis e cofins, pois terei que fazer o pedido de restituição, para que eu solicite o pedido de restituição terei fazer a retificação do MIT, e bem assim do EFD CONTRIBUIÇÃO ? 
 Ou não é preciso fazer a retificação do MIT E do EFD CONTRIBUIÇÃO, apenas solicitar o pedido de restituição ? 

tem que retificar MIT e EFD Contribuições informando os valores corretos, e só depois solicitar a restituição.

Luciano Pereira, boa tarde.

Poderia me ajudar?
Tenho um cliente que não mandou a nota fiscal no periodo da apuração, pois terei que retificar os impostos, e as guias eu baixo pela dctfweb , terei que fazer a retificação do MIT, e automaticamente a Receita reconhece a diferença do imposto? Porque a diferença é de 2,68 pis e cofins  12,38. Eu fiz agora, mas ainda Receita não reconheceu. Demora?
O cliente já tinha feito o pagamento.