EFD Contribuições com PIS/COFINS sem destaque na nota

Olá pessoal!

Tenho uma duvida... tenho um cliente novo no lucro presumido que emite notas fiscais nas quais não aparecem o PIS e a COFINS. Preciso calcular o PIS e a COFINS   de cada nota fiscal e por na EFD Contribuições ou já que não veio destacado na nota posso deixar em branco ou zerado?

Grato a todos!

Tem que apurar PIS e COFINS sim. 
Seu cliente saiu do simples recentemente? Pq isso é erro tipico de quem ta habituado ao SN, precisa orientar

Kleisson da Hora, bom dia. Precisa fazer a apuração no sistema contábil.
Sendo Lucro Presumido pode fazer apuração simplificada por nota fiscal.
Sendo Lucro Real, daí precisa ser a apuração completa por produto.

PIS/COFINS não é ICMS,

A apuração do PIS/COFINS não depende do destaque correto ou não no documento fiscal.

O cálculo correto do PIS/COFINS deve ser feito no momento da geração do SPED, independente se no documento fiscal está correto ou não.