NFCom - SVA e SCM

Prezados, bom dia!

Antes da entrada da NFCom, havia existência de duas empresas — uma responsável pelos serviços de SVA e outra
pelos serviços de SCM — foi estruturada com o objetivo de equilibrar o faturamento, aplicar corretamente as alíquotas do Simples Nacional e evitar a
sobrecarga tributária em uma única empresa.

Com a entrada da NFCom, houve a possibilidade de centralizar todos os serviços dentro de uma única nota fiscal,
porém, entendemos que essa obrigatoriedade ocorre somente para as empresas que prestam simultaneamente serviços de SCM e SVA.

Contudo, o sistema do meu cliente, disse que independente do CNPJ é obrigatório estar tudo dentro da NFCom. 

Alguém teve essa situação? Como procederam?
 
No aguardo.