Despesas de custeio escrituradas no livro Caixa x Médico que atende Pessoa Física e por Convênio

Prezados Colegas,

Boa noite, peço um esclarecimento. Médico pessoa física que atende no particular, emitindo recibo pelo Receita Saúde e pelo convênio (UNiMED) recebendo por PJ.
As despesas de custeio escrituradas no livro Caixa podem ser deduzidas independentemente de as receitas serem oriundas de serviços prestados como autônomo a pessoa física ou jurídica?
No programa do carnê leão eu lancei as despesas do consultório, e o programa levou para a declaração apenas o valor das despesas limitadas ao recibos pagos pelas PF. 
Eu posso me aproveitar do total das despesas, tendo em vista que ele recebe dos convênios? Se positivo eu teria que fazer um livro caixa a parte?
Obrigada